本片讲述的是满清盛世之末，方世玉生于广东，自小机灵聪敏。其母苗翠花悉心调教儿子，不单以药酒洗练根骨，使其练根就了一身铜皮铁骨，更传以少林武功，令生性调皮的世玉更是横行无忌。而苗翠花亦是好玩之人，且好打不平，经常和世玉拔刀助人，惹下不少仇家。世玉之父方德不胜其烦，后忍无可忍，加上望子成龙心切，想令世玉入读杭州“通天书院”，借书院与朝廷的关系，令世玉踏上仕途之路，于是举家搬至杭州，在自家产业“琼花会馆”中落下了脚。
好热闹的方世玉一心以为能在“通天书院”中广交朋友、共同玩乐，谁知“通天书院”在雷老虎的刻意经营下已变成一家敛财店、贵族官宦子弟的聚脚处，而方德既无官位亦无财无势，世玉在入学考试中落第，一怒之下决定入读“琼花会馆”所办的义学“琼花书院”，并结交了日后的生死之交洪熙官和胡惠乾。
一年一度的联院武技比试大赛即将举行，世玉、熙官和惠乾请缨出战，并积极准备，几经辛苦终于打入决赛。总决赛当日，杭州的官宦小姐严泳春带着她的一群好姐妹到场观战，这一群血气方刚的年轻小子为了要在美女前一显身手，个个全力以赴，而咏春更是设下赌注：哪家书院取胜，咏春和一班闺秀便到其书院旁听一个月。世玉和熙官组成的联队险中获胜，“通天书院”亦因此名声大跌。泳春和翠花几经交往成为莫逆，后又造就了熙官和泳春一对有情人。
另一方面，雷老虎因面子大损而恼羞成怒。他在大街上摆下擂台，以“拳打广东一省 脚踢苏杭二州”为联，一一击败打擂者。方世玉直捣擂台，不料错手把雷老虎打死。因事前两人已签下了生死状，世玉才逃过牢狱之苦，但却惹下了无穷的祸端。
雷老虎之妻李小环惊闻丈夫惨死，悲怒攻心，同其父李巴山到“琼花会馆”寻仇，翠花得知大惊。原来李巴山正是翠花父亲的同门，武功极高，而其女李小环更是青出于蓝。翠花心知来者不善，却无计可施。李小环再设擂台，方世玉不得不战，几招使出，世玉竟被打得当场吐血，被家人火速抬回家中。李小环大快而去，哪料到一个护心镜救了方世玉一命。
李巴山的后台是满清朝廷和武当的白眉道人，非常狠毒，如得知世玉未死定会再上门寻隙。方德和翠花几经商量，决定为儿子举行假殡，翠花则暗地里连夜将重伤的世玉送去了福建蒲田九莲山的少林寺。武痴洪熙官和胡惠乾早对少林武学心生仰慕，自原随好友而去。熙官不知泳春被父亲反锁家中，只得无奈地不辞而别。
世玉三人顺利成为少林俗家弟子，在大师兄三德的教导下，兄弟几个武技大进，友情日深。 世玉眼见少林众僧性格各异，却其实人人都有可爱的一面，渐渐又开始不断生事。虽惹来至善和尚的责罚，但世玉却乐在其中。学武期间他还结识了服侍五梅师太的凌小小，二人互生情愫，但小小对世玉总是若即若离，害得世玉也开始为情苦恼起来。
纸里包不住火，李巴山终于发现方世玉藏在少林寺，他和女儿李小环直闯少林，要至善交人。世玉在五梅师太的开导下终于有所悟，比武之日竟在梅花桩上打败了李巴山，李巴山被世玉踢下木桩当场身亡。比武无情，生死有命，李小环有仇不能报，抱着父亲的尸首恨恨离去。
一波刚平一波又起，泳春寻至，竟要硬闯少林见熙官一面。一向是女性禁地的少林寺哪容得泳春破坏清规，于是众少林弟子横加阻拦，熙官更因维护寺规而忍痛与泳春为敌，几乎把泳春打死。泳春悲痛之余对熙官又爱又恨，更误会凌小小和熙官有染，大兴问罪，这才揭发出小小自幼在佛前发过宏誓，十八岁后便削发为尼。泳春不听熙官劝说要和寺僧动武，幸好五梅师太和至善和尚出手相助。五梅见泳春把家传的刚劲武技化作合乎女子使用的巧劲路子大受启发，竟主动邀请泳春共同研创武学。终于，泳春得入少林，虽有活动范围的限制，但泳春已心满意足。
世玉因小小将会出家之事大受打击，小小眼见世玉一改常态变得整日沉默不语，却不知如何相劝。时惠乾因父亲被恶霸所杀要下山报仇，但他未能通过俗家弟子的下山测试“十八铜人阵”，竟偷偷地从狗洞中爬出离去，熙官和世玉得知，担心惠乾出事，便双双攻打铜人阵，搬开封门铜鼎，在手臂上留下青龙白虎的学成印记，去助惠乾报仇。千钧一发之际惠乾被世玉、熙官救出，但自此，惠乾也被遂出了少林大门。
就在世玉和熙官即将离寺之时，李巴山的师父白眉道人来到少林为徒弟“讨公道”，他盛怒之下竟伙同朝廷火烧少林，更杀死寺僧无数，至善和尚与五梅师太身受重伤，幸得泳春相救。世玉眼见自己为少林惹下大祸，悔疚不已，便和众少年英雄返回少林，找白眉拼命。
白眉道人的武艺深不可测，众少年英雄心知此战凶多吉少，反抛开一切后顾随心而行。在回少林的路途中，他们仗义行侠，凌小小心知十八岁将至，她感激世玉的真情，敞开怀抱与世玉尽情渡过了生命中最难忘的日子；熙官和泳春这对欢喜冤家更是情投意合，终结成夫妇。但无论多远的路也有尽时，数月后，众人来到嵩山脚下，一场惊天之战即将展开…… [
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