X档案，是调查局的一个部门，那里面贮存着几十年来遇到的无法解释的超自然现象案件……
九三年九月二十世纪福克斯首播X文件，首集于当年春天开始拍摄。内容为联邦调查局特别探员史卡利被调入和另一特别探员穆德一同办理X文件。穆德应其妹莎蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人产生兴趣，联邦调查局当局希望藉史卡利的科学观点把穆德拉回主流。结果是，史卡利也陷入X文件中而不能自拔。本季内容除了外星人，还有不可解释的自然现象、基因突变的怪兽、古老的咒语与传说。本季结束于深喉咙被射杀，X文件被终结。
探员福克斯-莫德(Fox Mulder)
特别探员Fox Mulder在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，事业正一帆风顺时，他却突然将全部精力转向了超自然事件。在一次催眠中，他回忆到自己失踪多年的妹妹Samantha在他们还是孩童的时候被一种未知的力量带走，自此，他对于X档案中所隐藏真相的追寻着了迷，开始了全身心的调查工作。
探员丹娜-斯嘉丽(Dana Scully)
特别探员丹娜-斯嘉丽不但是一个具备专业技能医学博士，同时也是一个认为在每一个X档案背后，都会有一个合理的科学解释的坚定的理性主义者。然而在X档案工作的过程中，她看到了许多无论科学或是逻辑都解释不通的事情，使她的信仰受到了考验，她渐渐开始相信外星生命存在的事实。
幕后黑手老烟鬼(Cancerman)
老烟鬼代表着在隐秘之处操纵国家的那一小撮人，许多改变历史的事情都与这群人有关(比如老烟鬼年轻时曾刺杀了肯尼迪总统)，他是莫德的主要对头之一，此人神秘莫测，没有名字，由于他手里永远夹着一支烟，于是人人都称他为老烟鬼，而过多的吸烟使他得了肺癌，后来他的名字就索性被叫成“癌人”了。
局长助理斯坎勒(Skinner)
身为前海军陆战队队员的调查局局长助理沃尔特-斯坎勒具有很强的责任感，有时对莫德没完没了的古怪调查会失去一些耐心。他曾经不止一次警告莫德和斯嘉丽，称他们调查的范围已扩大到危险的程度。他也曾被迫关闭了X档案，但是后来在自己的职权范围以内又将其重开。
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Pilot Pilot 1X01 09/10/93 领航员
Scully和Mulder第一次见面，两人去厄勒冈调查少年儿童森林失踪案，Scully腰上被咬了三个包。
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Deep Throat 1X02 09/17/93 深喉咙
Scully和Mulder去调查一个空军基地，深喉第一次出现。Mulder最后被空军基地做了手术忘记了看到UFO
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Squeeze 1X03 09/24/93 突变异种
一个可任意伸缩自己身体的男人，能从一个缝隙中经过。他每休眠三十年需要吃五个肝脏来补充自己的遗传缺陷，以便继续存活。
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Conduit 1X04 10/01/93 奥卡布基湖奇案
卡文在姐姐消失后，突然具有了从电视机的图像中读出了卫星电视的信号的能力。姐姐突然出现在人们面前，但母亲不希望女儿遭受别人的质疑，希望忘记一切。
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The Jersey Devil 1X05 10/08/93 泽西恶魔
森林里出现了一个裸体野人，他袭击人，并吞食人的肢体。事实上那是个女野人，她为了养育子女才出来觅食。
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Shadows 1X06 10/22/93 鬼魅幽魂
一个女职员的老板死了，生前老板对她好像女儿，死后还变做幽灵保护她受坏人的伤害。
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Ghost In The Machine 1X07 10/29/93 幽灵电脑
高智能电脑突然有了意识，开始操控机器，最终用病毒杀了它。但仍有一盏灯亮着。
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Ice 1X08 11/05/93 冰核计划
科学家在从北极圈冰层深处取得的样本中有一种会寄生于人体并使寄主难以控制的袭击他人的虫子。唯一的方法是将两条虫放入同一个人体内，将会自相残杀。
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Space 1X09 11/12/93 太空惊魂
NASA 在火星上发现了一张人脸，那张脸是几十年前在太空漫步计划中被不明生物袭击时看见的脸。
在太空计划进行中不断人力不可造成的突发的机械零件被损坏。而目的就是阻止人们继续探索太空。
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Fallen Angel 1X10 11/19/93 坠落天使
一架UFO坠落在森林里，Mulder去窥视，被军队抓了，认识了MUFON成员Max。后来Max被飞碟劫持了。
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Eve 1X11 12/10/93 夺命夏娃
一个“夏娃”的计划，不断的克隆，不同年龄段的她们之间有心灵感应以此联系彼此，聪明、冷血，其中一对双胞胎为了合法重聚分别杀了父亲，最终团聚在政府的精神研究所。
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Fire 1X12 12/17/93 恶魔烈火
可以靠自己的意念产生火苗的男人，伪装成帮佣的人混进别人家中进行谋杀，最后自燃。Mulder怕火。Mulder有个英伦旧情人。
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Beyond The Sea 1X13 01/07/94 心灵感应
黛娜的父亲去世了，在接到通知噩耗的电话前，她从睡梦中醒来看见父亲坐在自己对面的椅子上无声地对自己说着什么。一对情侣在约会时被人要求看证件，男生觉得有什么问题就反问他，结果两人被劫持，事实上一年以前有对情侣也这样被劫持并死去。现在一个自称有心灵感应的死刑犯人说可以帮助他们。在穆德戳穿他的骗局后，这个犯人竟唱起了史卡利的父亲最喜欢的歌曲，并叫出了她的小名。史卡利从他说的那些线索中找到了些与被劫持者相关的证物。最后救出了两人。犯人还是执行了死刑。戴娜也敞开了心扉。
X档案第一季免费播放，网通用户请使用播放地址二的无缓冲播放。
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