自从第一部的故事结束不久后，影片的四位主角就又坐不住了。狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛丽亚伙同第一部中的几位企鹅大仙们再次出动，只不过这回他们受到了自然的召唤。想要重新回归自己祖先生活的天堂——非洲大草原。于是在一些本地土著小浣熊(没错，就是功夫熊猫阿波他师傅那个物种)的帮助下，弄来了一架甚是拉风的飞机，由几企鹅驾驶，在一片热烈的欢呼声中启航了！飞机是好飞机没错，但驾驶员水平怎么样就值得研究了！当飞到马达加斯加岛上空时他们听到了激动人心的好消息——我们要降落了！当然，降落的方式是坠机！ 一干人磕磕撞撞地降落抑或坠落到了大地母亲的怀抱中，当真正面对自己祖先生存的大草原时他们泪流满面——我靠，还不如不来！毕竟他们常年生活在城市的动物园里，那会熟悉这大草原上的生存准则！虽然他们终于见到了更多自己的同类，但这些朋友们可不像小朋友那般可爱，不但对他们百般戏弄还引导他们误入歧途。更夸张的是，他们还不得不面对各类猎手的追杀了骚扰，虽然与人类打交道已经不是什么新鲜事情了，但拿枪的人类可不是好玩的！一时间四贱客反而进退两难，演变成“是留在大自然？还是回归动物园？”的尴尬抉择。而当想要离开这里时，回头往往那一堆只剩下骨架的飞机，以及开始维修这架只剩下骨架飞机的企鹅们，四贱客们立马没了信心！在这样的困境下，他们该怎么办又会怎么办呢？[
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